出口退税的电子化管理就是采用以计算机和网络为核心的现代信息技术，为出口退税管理提供现代化手段，同时在管理理念、管理体制、管理方法上有所创新，使之与现代化手段相适应，实现人机的最佳结合。
对出口退税业务全面实行计算机化管理，充分利用有关部门的电子数据，提高出口退税管理的严谨性、科学性、高效性，更好地履行税务部门的出口退税管理职责，更好地为纳税人服务。
短期目标是出口退税业务全面纳入电子化管理轨道，实现出口退税操作、管理、决策的电子化；建立出口退税网络管理系统，实现与征税机关、海关总署等部委的信息资源共享，以防范和打击出口骗税并及时准确办理退税；国家税务总局建立宏观调控管理系统，通过网络系统随时了解各地退税进度、检查各地工作、预测全年退税，以及为领导决策提供可靠的数据依据。
长期目标是适应国际贸易无纸化的发展要求，积极推进税收电子政务的发展，建立一套现代出口退税网络化管理机制。
出口退税电子化管理历经十余年应用，其应用成效是显着的，同时对其在整个出口退税管理中所起到的作用也应该是客观的。
首先，电子化管理是必然的。
出口退税工作中存在效率问题、骗税问题等等，都离不开电子化管理。
其次，电子化管理不是孤立的、也不是一成不变的。
在税收工作中，管理创新比技术创新更具现实紧迫性。
同时，应用现代信息技术会对现行的管理制度、流程、方式、理念产生能动的积极的影响。
最后，电子化管理的作用不应被盲目的扩大化，它是有一定局限性的。
出口退税全环节业务需要经过税务、海关、外管、工商、银行、商务部等多个部门，涉及到财政、税收、金融、贸易、公检法等多个领域，其业务逻辑复杂，事关重大。
仅就税务系统内部来说，便涉及到征税、退税之间的关系，涉及到内部业务规则、组织机构、人员等各个方面的问题，电子化管理仅是在现有条件下以目前的技术手段为基点，充分融入业务及机构的优化组合，形成的一套规范化的管理手段，它永远也代替不了体制的完善和人的管理。