出口退税关系中央财政和地方财政的分配利益。
2004年以前，出口退税的财政负担体制是，以1993年底各地实际退税为基数，中央财政负担80%，地方财政负担20%，对于超基数部分的出口退税全部由中央财政负担。
2004年出口退税机制改革，建立了中央和地方共同负担出口退税体制，即从2004年起，以2003年出口退税实退指标为基数，基数内的由中央财政全额负担，超基数部分由中央和地方按75：25的比例共同负担。
一年后国务院适时对出口退税负担比例做出调整，决定在坚持中央与地方共同负担出口退税的前提下进一步完善现有机制，从2005年1月1日起，超基数部分中央与地方按照92.5:7.5的比例共同。
