出口企业在进行出口业务操作的时候，取得报关单、核销单、增值税专用发票以及专用税票等出口退税凭证，同时相关执法部门将相应的电子信息向上传递，通过中国电子口岸，传递至国家税务总局，由国家税务总局通过税务系统广域网向下传递到基层的退税机关，由出口退税审核系统进行企业申报电子数据与执法部门电子底账数据的计算机比对。

出口企业根据相关规定，在货物报关出口并在财务上作销售后，将相关电子信息录入出口退税申报系统，生成申报表及电子数据，（通过远程申报系统）到退税机关预审，在进行纳税申报后，再到退税机关申报办理退税。

退税机关对企业申报数据进行自身逻辑审核及与各外部信息对审，审核无误后，开具收入退还书（或者通过综合征管信息系统开具退还书），由国库将税款划给企业。

出口退税管理系统数据传递通过国税公共数据集中管理系统、国税电子数据传输系统出口退税子系统以及出口退税管理系统内部数据传递机制实现。